Os confrontos da segunda fase da Copa do Brasil estão sendo definidos com a confirmação dos últimos classificados do torneio. As equipes que avançam da Série A recebem um prêmio de R$ 1.874.250, enquanto as da Série B recebem R$ 1.543.500. Já as equipes das Séries C, D e outras divisões são premiadas com R$ 1 milhão. A seguir, são apresentados os times classificados na Copa do Brasil e a configuração dos confrontos para a próxima fase.
Na última fase, o Sport foi eliminado da Copa do Brasil pelo Operário VG em um duelo decidido nos pênaltis. O torneio também registrou a primeira surpresa de 2025, com o Juventude sendo eliminado pelo Maringá.
Os times que garantiram classificação para a segunda fase da Copa do Brasil incluem: Atlético-MG (que eliminou o Tocantinópolis), Vasco (que passou pelo União Rondonópolis), Tuna Luso (apos vencer o Sampaio Corrêa), Grêmio (que superou o São Raimundo-RR), Náutico (que eliminou o Santa Cruz de Natal), CSA (com vitória contra o Boavista-RJ), Ceará (que passou pelo Sergipe), Brusque (que venceu o Trem), Porto Velho (com a eliminação do Cuiabá), Capital (que passou pela Portuguesa-RJ), Manaus (que venceu o Independência), Atlético-GO (que superou o ASA), Rio Branco de Venda Nova (que eliminou o Amazonas), Olaria (com vitória sobre o ABC), Vitória (que passou pelo Maranhão), Athletic-MG (que eliminou o Barcelona-BA), Maringá (com a vitória sobre o Juventude), Criciúma (que superou o Operário-MS), Operário VG (que eliminou o Sport), Athletico-PR (que passou pelo Pouso Alegre) e Caxias (com a eliminação do Dourados).
Os confrontos da segunda fase da Copa do Brasil 2025 foram definidos da seguinte forma: Atlético-GO enfrenta Jequié ou Retrô; Tuna Luso joga contra o CSA; Vasco enfrenta Barcelona-RO ou Nova Iguaçu; Humaitá ou Operário-PR se medem com CSE ou Tombense; Athletico-PR vai pegar Guarany de Bagé ou Altos; Ceilândia-DF ou Coritiba-PR enfrentam Maracanã ou Ferroviário; Porto Velho joga contra Capital; Ceará se encontra com Parnahyba ou Confiança; Maringá enfrenta União Tocantinópolis ou América-RN; Concórdia ou Ponte Preta jogam contra Portuguesa-SP ou Botafogo-PB; Grêmio mede forças com Athletic-MG; Vitória enfrenta Náutico; Sousa ou RB Bragantino se encontram com Oratório ou São José; Criciúma joga contra Grêmio Sampaio-RR ou Remo; Cascavel-PR ou América-MG medem forças com Votuporanguense-SP ou Aparecidense-GO; Inter de Limeira ou Vila Nova duelam com Rio Branco de Venda Nova; Atlético-MG enfrenta Manaus; Brusque joga contra Olaria; e Águia de Marabá ou Fluminense se encontram com Caxias. Operário Vargem Grande jogará contra Rio Branco-ES ou Novorizontino.
